Hlavní město Praha potřebovalo pro svůj další rozvoj stále více pitné vody. Naléhavá potřeba této životadárné tekutiny vyvstala zvláště poté, co 1. ledna 1922 vešel v platnost zákon o vytvoření takzvané Velké Prahy. Pražský magistrát proto rozhodl, že nechá vybudovat novou velkokapacitní filtrační vodárnu. Volba místa padla na podolský břeh Vltavy. Projektantem byl velice šťastně zvolen dr. ing. arch. Antonín Engel (1879-1958). Jeho účast povýšila stavbu na evropskou úroveň nejen po technické, ale i umělecké stránce. K výpočtům konstrukcí byla vyžádána spolupráce ing. Františka Kloknera a ing. Bedřicha Hacara. Stavba byla realizovaná v letech 1925-1929 firmou Kress a.s. Praha. Zamýšlený stavební program byl splněn pouze z poloviny.

Město však žíznilo dál. Proto se počátkem padesátých let minulého století přikročilo k dokončení původního záměru. Na volném pozemku na jižní straně, byla postavena druhá filtrační stanice podle původního návrhu arch. Antonína Engela. Zhruba po třiceti letech tak došlo k výstavbě dalšího objektu stejného architektonického výrazu a oba se spojily v jeden organický celek. I nová budova byla osazena moderními technologiemi a se svou starší kolegyní spojena potrubním mostem.

V nedávné době modernizovaný podolský vodárenský kolos, který nabírá vodu z Vltavy, a mnoha, jak mechanickými, tak chemickými způsoby ji čistí, je funkční pražskou rezervou, pokud by se z různých důvodů něco stalo s dodávkou pitné vody ze zdrojů Kárané a Želivka. Nyní dodává vodu, která se s uvedenými zdroji mísí.

Nad střední částí jižní budovy Podolské vodárny se vypíná mohutná 45 m vysoká věž obdélníkového půdorysu. Menší věžičky v rozích slouží jako schodišťové.