Dnešnímu kostelu předcházela kaple, vzniklá při domu pro emeritní kněze, který zde v roce 1679 založil světící biskup Jan Dlouhoveský. Kaple, vysvěcená 22. června 1681, byla zasvěcená k poctě Panny Marie Sedmibolestné.

Ke změně došlo poté, co členky Řádu sv. Alžběty – alžbětinky získaly v roce 1722 okolní pozemky a finanční prostředky, aby si zde vystavěly konvent a následně se věnovaly léčbě chudých nemocných žen. V rámci výstavby rozsáhlého areálu byla v červnu 1724 zbourána stávající kaple a hned následující měsíc započato se stavbou vrcholně barokní novostavby. Projekt vypracoval arch. Kilián Ignác Dientzenhofer a realizace proběhla v letech 1724-1725. Jednolodní kostel v dnešní ulici Na Slupi byl rovněž zasvěcen Panně Marii Sedmibolestné. V roce 1761 došlo ještě k rozšíření této sakrální stavby. Na severní straně byla přistavěna kaple sv. Tekly podle projektu stavitele Josefa Ignáce Juschka. Průčelí kostela i kaple se obracejí do rušné ulice Na Slupi a vévodí jim velká barokní kasulová okna.

Nad průčelím kostela, ukončeném tympanonem se tyčí věž dosahující výšky 31,5 m a převyšující výrazně vlastní stavbu. Její spodní část kryje do ulice prolamovaný a bohatě zdobený štít s půlkruhovou římsou. Uprostřed štítu je nika se sochou Panny Marie Sedmibolestné. Závěr věže tvoří polygonální cibulovitá báň s makovicí a křížem. I střechu kaple sv. Tekly zdobí věžička, klasický sanktusník.

Kostel, kaple i konvent, včetně nemocniční budovy, byl v roce 1949 minulým režimem alžbětinkám zabaven. Svůj majetek dostaly zpět až v roce 1991.