Kostel sv. Jana Nepomuckého Na Skalce byl původně založen jako kaplička na vinici Skalka roku 1691 novoměstským měšťanem Kristiánem Floriánem Hegerem. Bohoslužby zde vykonávali mniši z protějšího kláštera Na Slovanech. Již tehdy tu byl Jan Nepomucký uctíván jako světec.
V roce 1706 bylo při kapli založeno bratrstvo pod ochranou Panny Marie ke cti Jana Nepomuckého. Ten byl oficiálně svatořečen až v roce 1729. Protože kaple pro své malé rozměry nevyhovovala, rozhodlo se bratrstvo vystavět na jejím místě nový prostorný kostel. Vypracováním projektu pověřili Kiliána Ignáce Dientzenhofera a základní kámen byl položen v roce 1730. Vrcholně barokní kostel pak dokončen o osm let později.
Jednolodní kostel sv. Jana Nepomuckého má osmiúhelníkový půdorys. K průčelí kostela, které se obrací do Vyšehradské třídy, vede dvojramenné otevřené schodiště, dokončené až v roce 1776, na jehož parapetu jsou osazeny sochy světců. Po obou stranách průčelí jsou dvě 35 m vysoké věže postavené na koso. To dodává celé stavbě neobyčejně dynamický ráz. Jejich hmota je rozdělena do dvou etáží, fasáda je bohatě zdobená. Zvonové patro věží prolamují polokruhově ukončená okna, která uzavírá sféricky trojúhelná přímá římsa. Věže jsou zakončeny vysokými báněmi, v jejichž spodní části se dvakrát nad sebou opakuje zvonovnicová křivka. Na samém vrcholu pak poměrně mohutné hranolové lucerny s dekorativními vázami a kříži. V jižní věži probíhá v celé výšce barokní šnekové schodiště, v severní jsou tři prostory, oddělené dřevěnými stropy.
