Již od počátku mělo Nové Město pražské, založené Karlem IV. pro svoji rozlehlost dva farní kostely. Pro horní část to byl kostel sv. Štěpána, v dnešní Štěpánské ulici. Založen po roce 1348 a spravovali ho staroměststští křižovníci.
Gotická trojlodní stavba s polygonálním závěrem probíhala v letech 1351-1401. V roce 1686 byla přistavěna na jižní straně kaple Kornelská, a v roce 1736 kaple Branbergrů na severní straně. Další výraznější stavební zásah nastal v roce 1866, kdy rovněž na severní straně přistavěna novogotická předsíň. V letech 1876-1879 proběhla poměrně rozsáhlá novogotická úprava pod vedením arch. Josefa Mockera.
Do pražského panoramatu výrazně zasahuje mohutná, 57 m vysoká kostelní věž na západní straně. První zmínka o ní pochází z roku 1401. Věž je členěná čtyřmi kordónovými římsami a spočívá na kvádrovém soklu s jednoduše profilovanou římsou. Na její jižní straně se k ní přimyká točité schodiště s malými obdélnými okosenými okénky. Vrchol věže má novogotickou helmici. Ta stejně jako vysoká stanová střecha a nárožní věžičky byla navržena arch. Josefem Mockerem v roce 1875 v rámci vzpomínané novogotické úpravy kostela. V téže době zhotoveny i nové ciferníky věžních hodin.
Ke kostelu sv. Štěpána patří i zvonice, samostatná zděná patrová stavba na jižní straně. Byla postavena v letech 1600-1604 na místě starší dřevěné zvonice. Okolo ní, stejně jako okolo kostela se v minulosti rozkládal hřbitov. Původně měla zvonice vysokou stanovou střechu, asi v roce 1731 jí nahradila barokní báň. V současnosti má střecha tvar jehlance s okosenými hranami, vysokou špic zdobí makovice. Zvony zde zavěšené byly rekvírovány za I. a II. světové války. Dnes tu visí pouze zvon Štěpán z roku 1490 od mistra Jiřího z Nového Města pražského, o odhadované hmotnosti 2010 kg.
