Soubor čtyřkřídlého kláštera a kostela zasvěceného ke cti Panny Marie, sv. Jeronýma, Cyrila, Metoděje, Vojtěcha a Prokopa byl založen českým panovníkem Karlem IV. na návrší nad osadou Podskalí u starého podskalského farního kostela sv. Kosmy a Damiána. Zakládací listina byla vydána 22. listopadu 1347 v Norimberku. Ke slavnostnímu vysvěcení kláštera i kostela došlo na pondělí velikonoční, 29. března 1372, kdy se četlo evangelium o setkání Krista s učedníky v Emauzích. Podle tohoto textu začal pražský lid nazývat objekt klášterem slovanských benediktinů „v Emauzích“ a tento název se udržel dodnes.
Klášterní kostel byl dlouho bez věží. Jejich funkci se snažil suplovat drobný štíhlý sanktusník, tyčící se uprostřed střechy. V roce 1678 byly v průčelí kostela vystavěny dvě věže. Ty dostaly typické cibulovité zakončení a na jejich stěny přidány nárožní pilastry.
Počátkem roku 1880 přišli Na Slovany němečtí benediktini. Věže byly zbaveny barokních prvků, hladce omítnuty a na vrcholu opatřeny ostrými jehlanci. V duchu novogotického slohu na každém rohu základu jehlance byly vztyčeny ještě čtyři samostatné věžičky.
Nejhorším dnem v tehdy téměř šestisetletých velkolepých dějinách kláštera se stal 14. únor 1945, za náletu spojeneckých letadel na Prahu. Mimo dalších obrovských ztrát, došlo i k těžkému poškození kostela a kláštera. Zničeny byly i obě novogotické věže.
V roce 1964 byla proto vypsaná architektonická soutěž na jejich obnovu. Zvítězil návrh ing. arch. Františka M. Černého. Vznikla nová, moderně řešená asymetrická skořepinová dominanta. Je vysoká 32 m a tvoří jí 40 cm silná konstrukce z bílého betonu. Na pozlacení jejich čtyři metry vysokých špic se spotřebovalo 1,3 kg čtyřiadvacetikarátového zlata.
