Na místě dříve stával farní kostel osady Podskalí zasvěcený sv. Antonínovi a poprvé připomínaný k roku 1359. Pověst vypravuje, že jej stavěli řemeslníci, kteří pracovali na stavbě kostela a kláštera Na Slovanech, a to v době svého volna. Pracovali bez odměny, navíc používali zbytkový materiál z oné rozsáhlé stavby. Proto prý vyrostl zcela bez finančních nákladů. Kostel byl zničen v roce 1420 při husitských válkách. Stalo se tak na den Nejsvětější Trojice.
Po skončení husitských válek byl znovu vybudován a zasvěcen Nejsvětější Trojici. Farní kostel spolu s farou však trpěl velkou nouzí a přežíval díky darům dobrodinců. Přesto došlo v letech 1728-1729 a 1781-1782 k jeho pozdně barokní přestavbě.
Dle dávné tradice obyvatelé Podskalí při každoroční pouti na svátek Nejsvětější Trojice nechávali na vltavském břehu střílet z hmoždířů. Vždy též, i když jejich výdělky byly více než skromné, nezapomínali drobným příspěvkem na „svůj“ kostel.
Kostel Nejsvětější Trojice původně neměl věž, pouze sanktusník na hřebenu střechy. Dřevěná zvonice stála na někdejším hřbitově. V polovině 18. století však zchátrala natolik, že hrozilo její zřícení. Proto se přikročilo ke stavbě nynější průčelní věže. Základní kámen byl položen 21. května 1781 a příští rok věž dokončena.
Se svými 32 m patří k nejnižším kostelním věžím v historických pražských městech, má pouhá dvě patra. Postavil jí stavitel Mates Široký. Stěny věže jsou prolomeny pozdně barokními okny a kryty dřevěnými žaluziemi. Nároží zdobí pilastry. Střecha má základnu čtyřúhelníku, který přechází v osmiúhelník. Navazuje na ni osmiboká cibulovitá báň s lucernou, nad ní je ještě menší báň a dvě makovice nad sebou.
