Náměstí je od svého vzniku pojmenováno podle té skutečnosti, že v místě je klášter řádu johanitů čili maltézských rytířů. Klášter tady byl založen již v roce 1169. Do prostoru nepříliš širokého náměstí ústí ulice Prokopova, Harantova a Nebovidská.
Směrem k náměstí se obrací nejen zmiňovaný klášter, ale především starobylý kostel Panny Marie pod řetězem, na konci mostu. Kostel měl být původně mnohem větší, vybudováno však bylo pouze presbyterium, posléze sloužící jako hlavní chrám a nedokončena zůstala i dvojice věží v západním průčelí. Svatostánek prošel několika slohovými etapami, včetně raně barokní přeměny za vedení arch. Carla Luraga.
Ve středu náměstí stojí vrcholně barokní sousoší patrona řádu maltézských rytířů, sv. Jana Křtitele. Bylo sem osazeno v roce 1715 jako výraz díků za odvrácení moru. Sousoší původně tvořilo střed kašny, ta ale byla zrušena v osmdesátých letech 19. století. Práce na sousoší byla zadána pražské sochařské dílně Jana Brokofa (1652-1718). Autorem díla je jeho druhorozený syn Ferdinand Maxmilián Brokof (1688-1731). Naposledy bylo sousoší restaurováno v roce 1988 akad. sochařkou Drahomírou Šťovíčkovou.
Na Maltézském náměstí stojí řada význačných paláců a domů. V první řadě k nim patří Nostický palác čp. 471, po nedávné generální rekonstrukci, sídlo Ministerstva kultury ČR. Dalším je palác Turbů čp. 477, jehož současný architektonický výraz je výsledkem rokokové přestavby kolem roku 1765. Třetím palácem, zde vzpomenutým, je Straků z Nedabylic čp. 476. Stojí v řadě domů a jeho parcela proniká celým blokem. Zajímavostí je, že spolu se svým sousedem, domem U Zlatého kříže čp. 478, mají společné loubí.
