Vzhledem ke své rozlehlosti mělo Nové Město pražské již od počátku dva farní kostely. Pro dolní část to byl kostel sv. Jindřicha a sv. Kunhuty na jednom ze tří centrálních náměstí, Senovážném. Ve stavební hmotě kostela nechyběla ani věž o dnešní výšce 46 m. Její zdivo však nebylo dostatečně silné, aby uneslo zavěšení velkých zvonů. Proto bylo rozhodnuto o výstavbě samostatně stojící zvonice, dnešní Jindřišské věže. Její základy položeny za krále Václava IV., ale husitské války její stavbu pozastavily a dokončena tak až v době panování Vladislava Jagellonského. Zvonice se rázem stala chloubou Nového Města. Zvenčí bylo její zdivo z tesaného kamene, uvnitř z lomového.
V průběhu staletí zažila mnohá protivenství. Ať již to bylo z důvodů povětrnostních podmínek, či nepřátelského bombardování, vždyť pro svoji mohutnost byla snadným terčem. Tím trpěly i zvony, ty navíc kromě zvonu Marie, byly rekvírovány za světových válek.
Věž chátrala i ve dvacátém století, její využití bylo minimální. V druhé polovině devadesátých let minulého století vstoupila na scénu Společnost Jindřišská věž, s.r.o. Ta získala věž do dlouhodobého pronájmu s tím, že bývalou zvonici zpřístupní obyvatelům a návštěvníkům Prahy. Do věže byla vložena železobetonová samonosná konstrukce. Tato věž ve věži je vybavena klimatizací, osvětlením a mimo schodiště i rychlovýtahem. V deseti patrech jsou kavárny, restaurace a sociální zázemí. Součástí interiéru restaurace Zvonice je i zrestaurovaný historický zvon Marie. V nejvyšším desátém patře je pod starobylým krovem mimořádně nádherná vyhlídka. Tady má své místo i zvonkohra o deseti zvonech od zvonaře Petra Rudolfa Manouška, která má naprogramovány stovky různých melodií. Může se na ní hrát pomocí klaviatury i ručně. Koncem března 2003 se na věži znovu rozešly i hodiny. Hodinové stroje jsou čtyři, každý se svým ciferníkem. Synchronizované jsou přes počítač.
Nejvyšší volně stojící zvonice v Praze, její výška je 65 m, byla zpřístupněna veřejnosti 7. prosince 2002.
