Objekt dnešního Masarykova nádraží je první nádražní budovou v historické Praze a jednou z nejstarších v Evropě. Pozdně klasicistní stavba se dvěma věžemi, postavená v letech 1844-1845 podle projektu inženýra Antonína Jünglinga (někteří odborníci nevylučují též účast arch. Petra de Nobileho), pamatuje ten historický okamžik, kdy do Prahy přijel první vlak.
Stalo se tak 20. srpna 1845, vlak měl dvě lokomotivy Prag a Olmütz, předvojový vlak, kterým přijel ing. Jan Perner, měl lokomotivu Böhmen. Pro české vlastence se samozřejmě jmenovaly – Praha, Holomouc a Čechie. Slavnostní vlak vyjel z Olomouce v šest hodin ráno a již po obědě se v Praze scházeli první diváci, kteří většinou poprvé v životě, chtěli na vlastní oči spatřit „ocelového oře“. Místa na nádraží byla pouze pro zvané, a tak koleje před městskými hradbami byly doslova obleženy zvědavci. Velice výhodným pozorovacím místem se stal vrch Vítkov. Zvědavci se dočkali okolo půl páté odpoledne, za střelby z hmoždířů a vyzvánění pražských zvonů přijel vlak do nádraží.
Původní nádraží tvořily dvě pozdně klasicistní budovy a obě se dočkaly dnešních dnů. Odjezdová při ulici Hybernské i příjezdová při dnešní ulici Havlíčkově. Prostor uprostřed byl úmyslně ponechán volný pro odvětrávání kouře a páry z lokomotiv. Teprve později v roce 1873 byla vystavěna dvoupodlažní budova na rohu ulic Hybernské a Havlíčkovy, v přízemí s velkou nádražní restaurací.
Ze střechy budovy při Hybernské ulici vyrůstají dvě patrové věže, čtvercového půdorysu. Mají vysoká okna a nad nimi jsou kulaté ciferníky věžních hodin. Věže jsou kryté nízkými jehlancovitými střechami. Jejich výška od úrovně střechy je 10 m, od chodníku 31,5 m. Nad nimi se tyčí hroty hromosvodů. Na starších kresbách je vidět jak na nich vlají prapory.
