V dubnu 1485 král Vladislav II. Jagellonský natrvalo přesídlil ze staroměstského Králova dvora do bezpečí Pražského hradu. Současně zahájil i jeho rozsáhlou úpravu a přestavbu. V tomto rámci proběhla obnova původních románských a gotických hradeb. Stavitel Benedikt Reid (Rejt) předsunul před původní opevnění na severní straně hradu novou hradební zeď a vyztužil jí trojicí dělových věží – Daliborkou, Bílou věží a Prašnou věží.

Posledně jmenovaná věž byla pro své palebné možnosti nejdůležitější, zvláště když v roce 1522 byla ještě zvýšena o nízké patro. Ve čtyřech podlažích věže byly situovány střílny pro střelbu děl různých ráží a v suterénu prolomeno pět střílen pro střelbu z ručních zbraní.

Od roku 1569, v čase panování císaře Rudolfa II. zde měl dílnu slavný kovolijec Tomáš Jaroš. Byla tu též alchymistická laboratoř. Prašná věž sloužila i jako prachárna. Vyráběl se tady střelný prach a dělostřelecké granáty. Výrobky se zde i skladovaly. Od této skutečnosti se odvíjí i její název.

Na přelomu sedmdesátých a osmdesátých let minulého století prodělala věž důkladnou rekonstrukci. Dnes je přístupná veřejnosti a slouží výstavním účelům. Výška věže je 27, 4 m.