Na tomto místě původně stával malý kostelík připomínaný k roku 1238. Rozsáhlou přestavbu, která zcela setřela jeho původní ráz, zahájil biskup Jan IV. z Dražic počátkem 14. století. V díle pokračoval první pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic a již dokončený kostel vysvětil 4. května 1371 jeho nástupce arcibiskup Jan Očko z Vlašimi. Od počátku byl farním kostelem, od roku 1625, s přerušením za komunistického režimu, klášterním kostelem sousedního dominikánského konventu.

Kostel sv. Jiljí v Husově ulici na Starém Městě pražském má ve svém západním průčelí dvojici nestejně velkých věží. Vyšší, mající vysokou jehlancovitou střechu s lucernou měří 58, 5 m a nižší 43, 5 m. Obě věže byly původně stejně vysoké, tak jako věž jižní. Severní přišla o svoji výšku již před několika stoletími, 28. června 1432. Toho dne se snesla nad Prahou silná bouře s krupobitím, při níž blesk udeřil do kostela, a přitom se vznítila právě severní věž. Shořel krov i s břidlicovou střechou a žárem se roztavily zde zavěšené zvony. Stejný blesk na místě zabil i ženu, která se před hlavním oltářem modlila za svého, toho dne utopeného muže, staroměstského rybáře.

Škody vzniklé na objektu kostela byly záhy napraveny, ale severní věž dostala prozatím pouze nízkou stříšku. Provizorium však trvá dodnes, věž nejenže nebyla zvýšena do své původní výšky, ale zůstala jí i její kusá střecha.