Dnešní podoba kapitulní baziliky sv. Petra a Pavla vznikla v letech 1885-1903 při novogotické přestavbě podle projektu arch. Josefa Mockera. Přestavba redukovala poslední zbytky středověkého charakteru stavby, které ještě zůstaly zachovány v její barokní podobě. V závěrečné části přestavby bylo beze zbytku zbouráno celé třídílné barokní průčelí a postaveny vysoké novogotické věže s předsíněmi. I jejich projekt původně vypracoval arch. Josef Mocker, ale po jeho smrti ho obměnil jeho spolupracovník arch. František Mikš. Na západní straně byl navíc kostel prodloužen o část klenby mezi podpěrami. Hlavní vstupní tympanon má krásnou sochařskou výzdobu s motivem Posledního soudu, kterou vytvořil sochař a řezbář Štěpán Zálešák.

Aby mohlo dojít na západní straně k rozšíření kostela a vytvoření určitého odstupu od hlavního průčelí musel být o pár desítek metrů přemístěn řádový hřbitov sester alžbětinek. Navíc musel být zbořen domek kostelníka čp. 11, který stál přímo na hřbitově. Náhradou byl v roce 1886 vystavěn podle plánů arch. Václava Sigmunda novogotický dům čp. 102. Na jeho nároží byla 29. června 1995 odhalena pamětní deska k poctě české královny Elišky Přemyslovny, dílo akad. sochaře Lumíra Šindeláře a kovolijce Jindřicha Janečka.

Z prostoru před hlavním průčelím je možno vstoupit jedním ze tří možných vchodů na posvátnou půdu Vyšehradského hřbitova, kde je pohřbeno mnoho vynikajících žen a mužů českého národa.

V jihozápadním nároží hřbitovního oplocení stojí v nice pískovcová socha sv. Ludmily. Světice si přidržuje jeden ze svých atributů, kolem krku omotaný šátek, kterým byla podle legendy v roce 921 zardoušena na svém vdovském sídle Tetíně.