Komenského náměstí patří mezi nejstarší na Žižkově. Vzniklo ještě před rokem 1875, tedy předtím než, rozdělením Královských Vinohrad, začal Žižkov jako samostatná obec existovat. Územní oblast, v níž bylo vybudováno Komenského náměstí, byla ve stavebních plánech rozdělena šachovnicovitě na osm bloků, v jejichž středu bylo vytyčeno náměstí. Terén zde byl nerovný, a proto jej bylo třeba značným nákladem vyrovnat a upravit. Na jeho ploše byl později vysázen park a vyhloubena veřejná studna s čerpadlem. Studna byla zrušena po roce 1883, neboť oblast již byla napájena z vinohradského vodojemu. Náměstí při Roháčově ulici, ze kterého vychází několik komunikací, se již od začátku nazývalo Komenského. Zajímavé je, že si svoje pojmenování udrželo po celou dobu až dodnes. Bylo nazváno k poctě biskupa jednoty bratrské, pedagoga, vědce a spisovatele Jana Amose Komenského (1592-1670), známého také pod přídomkem „učitel národů“.
Komenského náměstí vešlo do povědomí veřejnosti bojem o záchranu objektu zdejší školy čp. 400. Ta zde byla vybudovaná v letech 1872-1873 a později dostala ještě přístavbu. Na průčelí byla vsazena poprsní busta Jana Amose Komenského. Zkáza školy se začínala připravovat v sedmdesátých letech minulého století. V roce 1978 museli učitelé i žáci školu opustit, neboť začala sloužit jako zázemí staveniště pro dělníky, kteří začali bourat starý Žižkov. Poté měla být zbořena i ona. Po tvrdém boji s tehdejším režimem, kdy se do čela mnoha kulturně smýšlejících lidí postavil Klub Za starou Prahu, se podařilo objekt školy zachránit. Ta dnes opět slouží svému původnímu účelu.
